Лебедев обвиняет следствие в клевете и называет себя "заведомо невиновным". Кроме того, он требует возбудить уголовное дело против старшего следователя Генпрокуратуры Салавата Каримова и первого заместителя генпрокурора Юрия Бирюкова.
Следствие он называет "преступной группой Бирюкова-Каримова" и утверждает, что за незаконным уголовным преследованием руководства "ЮКОСа" стоит заместитель руководителя администрации президента Игорь Сечин. Он намерен каждое заявление о преступлении Бирюкова и Каримова довести до судебного разбирательства вплоть, если понадобится, до Конституционного Суда РФ и Европейского Суда по правам человека.
Лебедев отрицает обвинения в "легализации" через счета МФО МЕНАТЕП "похищенных средств" для благотворительных пожертвований в пользу общественной организации "Открытая Россия". "На счета международного инвестиционного холдинга МЕНАТЕП поступали только и исключительно денежные средства только и исключительно от 100% дочерних иностранных компаний холдинга в виде дивидендов", - говорит он.
Таким образом, согласно заявлению Лебедева, в связи с отсутствием события преступления, ему должны официально принести извинения, прекратить уголовное преследование и возместить причиненный вред.
В мае 2005 года Мещанский суд Москвы признал Ходорковского и бывшего руководителя МФО "МЕНАТЕП" Платона Лебедева виновными в уклонении от уплаты налогов и мошенничестве в крупном размере и приговорил к девяти годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии общего режима. 22 сентября Мосгорсуд подтвердил приговор, снизив при этом срок наказания до 8 лет. 15 октября Ходорковский был доставлен в исправительную колонию, которая находится в 550 километрах от Читы на окраине города Краснокаменск. Лебедев был отправлен в колонию №3 в поселке Харп ЯНАО.
Ходорковский и Лебедев находятся в следственном изоляторе Читы с конца декабря 2006 года. Их перевезли из колоний в Харпе и Краснокаменске в СИЗО Читы по требованию Генпрокуратуры для проведения следственных действий.