Ходорковский 20 декабря был этапирован в Читу из колонии Краснокаменска Читинской области, где отбывает восьмилетний срок наказания. В это же время в Читу был этапирован и Лебедев из колонии поселка Харп Ямало-Ненецкого автономного округа.
То, что следователи выбрали именно Читу, а не стали возвращать именитых осужденных в Москву, адвокатов уже не удивляет. "Видимо, власти стремятся сделать все, чтобы, во-первых, создать неудобство адвокатам, а во-вторых, чем дальше Ходорковский и Лебедев будут находиться от прессы и от общественности, тем им удобнее", - предположил адвокат Евгений Бару. 26 декабря адвокаты приехалив Читу, однако к своим подзащитным их так и не пустили. Пообщеаться заключенным со своими защитниками удалось только 27 декабря.
Директор Института национальной стратегии Станислав Белковский уверен, что в первой половине следующего года Ходорковскому и Лебедеву будут предъявлены новые обвинения. В интервью Каспаров.Ru он отметил, что таким образом российские власти пытаются ослабить их позицию в Стасбургском суде и увеличить шансы на собственную победу. По словам Белковского, Кремль также ставит своей целью добраться до активов Ходорковского, находящихся на Западе. "Это является двумя основными мотивами предъявляемых обвинений", - сказал он.
До сих пор Генпрокуратура ограничивалась лишь намеками на существование еще одного крупного дела, связанного с Ходорковским и Лебедевым. Еще летом 2005 года, когда не вступил в силу памятный приговор Мещанского суда столицы, адвокатам было сказано явиться в СИЗО для предъявления новых обвинений. Но этого по каким-то причинам не произошло. Уже после того, как приговор с незначительными изменениями был утвержден Мосгорсудом, Генпрокуратура в лице ее тогдашнего официального представителя Натальи Вишняковой пообещала журналистам, что новое дело грядет в ближайшем будущем.
В мае 2005 года Мещанский суд Москвы признал Ходорковского и бывшего руководителя МФО "МЕНАТЕП" Платона Лебедева виновными в уклонении от уплаты налогов и мошенничестве в крупном размере и приговорил к девяти годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии общего режима. 22 сентября Мосгорсуд подтвердил приговор, снизив при этом срок наказания до 8 лет. 15 октября Ходорковский был доставлен в исправительную колонию, которая находится в 550 километрах от Читы на окраине города Краснокаменск. Лебедев был отправлен в колонию №3 в поселке Харп ЯНАО.