Научную деятельность начал в Институте Африки АН СССР (1978), с 1988 г. руководит Синергетической лабораторий НПО СИНЛА, с 1992 г. консультант, затем главный специалист Главного управления стратегического анализа МВЭС РФ, член рабочей группы по разработке Стратегии развития внешнеэкономических связей России, Основных положений концепции внешнеполитической стратегии РФ и Основных направлений и критериев обеспечения внешнеэкономической безопасности РФ. С 1995 г. - эксперт, затем управляющий в Службе стратегического анализа МАПО "МИГ", консультант Директората стратегического планирования ВПК МАПО, с 1998 г. - заместитель директора Национального института развития Отделения экономики РАН, заведующий Лабораторией геоэкономического анализа и проблем социального развития Института Африки РАН, руководитель межотраслевого центра "Геоэкономика". С 1999 г. - заместитель директора Института экономических стратегий при Отделении международных отношений РАН. Руководитель Отделения (кафедры) геоэкономики Академии геополитических проблем / спецкурс "Геоэкономика" (2000).
Член аналитической группы Совета Обороны РФ (1997), Независимого экспертного совета по стратегическому анализу проблем внешней и внутренней политики при Совете Федерации Федерального Собрания РФ (1998), Совета по внешней политике при Комитете по международным делам Государственной Думы Федерального Собрания РФ (2000). Член рабочей/исследовательской группы по урегулированию кризисов в Центральной Азии Консорциума военных академий и институтов, изучающих безопасность, (в рамках программы "Партнерство ради мира") при Центре им. Джорджа Маршалла (2000).
Действительный член Философско-экономического ученого собрания МГУ им. М.В. Ломоносова (1999). Профессор Академии геополитических проблем (спецкурс "Геоэкономика"). Член Бюро Научного совета "История мировой культуры" при Президиуме РАН, руководитель комиссии по социокультурным проблемам глобализации (2002). Руководитель Московского теоретического семинара "Глобальное сообщество: изменение социальной и культурной парадигм" (1997). Член редколлегий журналов "Африканский рынок" (1992), "Проблемы развития" (1998), "Азия и Африка сегодня" (1999), "Экономические стратегии" (1999), главный редактор серии "Интеллектуальная хроника России" (1999). Член редакционного совета Клуба ученых "Глобальный мир" (2000).
Руководитель международного междисциплинарного проекта "СИНЛА: глобальная трансформация" (1990-1995), исследовательских проектов Центра наук о человеке АН СССР "Перспективы АС (антропологической и социальной) трансформации в современном мире" (1990); Института философии АН СССР "Новые измерения АС (антропологических и социальных) пространств: прогноз развития" (1990), Российского фонда фундаментальных исследований "Глобальное сообщество: изменение социальной парадигмы" (1997-2000). Российского гуманитарного научного фонда "Геоэкономическая система мироустройства" (2000-2002), Института Африки РАН "Феномен 11 сентября: глобализация и сетевая культура" (2002); издательских проектов Российского гуманитарного научного фонда: "Глобальное сообщество: новая система координат" (1999-2000) и "Глобальное сообщество: картография постсовременного мира" (2002).
Основная область исследований А.И. Неклессы - международные системы управления и тенденции глобального развития. Можно выделить три ключевых аспекта, которым посвящен основной корпус публикаций (общим числом более 200): (а) концепция исторического процесса как смены последовательных фаз самоорганизации общества, в ходе которой человечество проходит шесть типологических состояний (Протоистория, Древний мир, Великие империи-интегрии, Средневековье, Новое время, Новый мир); (б) геоэкономические исследования и структурное моделирование социально-экономических процессов (геоэкономический атлас мира, система перераспределения квазирентных платежей, типология базовых стратегических ресурсов общества); (в) композиция поствестфальской системы международных связей как иерархичной и динамичной системы глобального управления (международные регулирующие органы, страны-изгои, контролируемый хаос, сетевая культура). Анализируется также ситуация, складывающаяся в кризисных зонах планеты на рубеже веков, проблемы неоархаизации общества, формирование транснационального пространства Глубокого Юга.
