Изначально ОМОН был создан в трех республиках, входящих в состав бывшего СССР (Белоруссии, Украине, Казахстане), и 14 регионах РСФСР СССР, после распада Советского Союза из всех российских городов ОМОН был только в Москве и Санкт-Петербурге. Только позднее ОМОН стал появляться и в других крупных городах РФ. К концу 1990-х годов подразделения ОМОН существовали уже во всех крупных городах России, не только в городах областного значения, но и практически в любом городе с населением выше 500 тысяч.
Формально ОМОН относится к службе МОБ (милиция общественной безопасности), но в тоже время считается федеральной структурой и командир регионального ОМОНа подчиняется в первую очередь Москве, а не своему милицейскому руководству по региону.