5 марта 2007 года Ярлыкова приговорила к 11 и 12 годам колонии строгого режима бывшего заместителя директора дирекции внешнего долга "ЮКОСа" Владимира Переверзина и экс-гендиректора компании "Ратибор" Владимира Малаховского, которые обвинялись в хищении нефти "дочек" "ЮКОСа "на 13 млрд долларов и легализации преступных доходов. Еще один подсудимый — экс-глава компании "Фаргойл" Антонио Вальдес-Гарсиа в ходе процесса сбежал в Испанию.
19 мая 2009 года госпожа Ярлыкова вынесла приговор руководителю товарищества "Социальная инициатива" Николаю Карасеву и еще трем топ-менеджерам компании, обвинявшимся в хищении у соинвесторов жилья около 1 млрд руб. и отмывании свыше 400 млн рублей. Они получили от семи до десяти лет колонии строгого режима.
Кроме того, судья Ярлыкова санкционировала аресты фигурантов целого ряда громких дел. Среди них вице-президент "ЮКОСа" Василий Алексанян, начальник департамента оперативного обеспечения Госнаркоконтроля Александр Бульбов, экс-руководитель Главного следственного управления следственного комитета при прокуратуре РФ Дмитрий Довгий, вице-президент "Евросети" Борис Левин.
7 августа 2007 года ею был санкционирован заочный арест Бориса Березовского (по делу о хищении 13 миллионов долларов из банка "СБС-агро") — причем это была уже шестая санкция на арест политэмигранта, выданная российскими судами.
В январе 2008 года Елена Ярлыкова продлила арест заместителю министра финансов РФ Сергею Сторчаку, обвиняемому в попытке хищения бюджетных средств.
Источник: "Коммераснт", 10.09.2009.