Одно уголовное дело возбуждено по двум статьям Уголовного кодекса РФ, а именно: по части 2 статьи 285 ("Злоупотребление должностными полномочиями") и части 2 статьи 286 ("Превышение должностных полномочий"). Поводом к расследованию стало обращение предпринимателей Бисерти, которые обвинили Непутина в том, что он "уводит" бюджетные средства на свои счета. На жену мэра - индивидуального предпринимателя Ларису Непутину оформлено автотранспортное предприятие, которое ранее, до избрания на должность мэра в декабре 2004 года, возглавлял Валерий Непутин. Но, как утверждают местные жители, даже после избрания он фактически сохранил управление в своих руках.
Мэр Бисерти учредил МУП "Гортоп", которое практически не имело никаких крупных активов, техники, производственных фондов, персонала. МУП заключал договоры на поставку топлива для котельной города. Его партнером было предприятие жены мэра, которое зимой 2007/2008 года поставило некачественный мазут, вследствие чего город замерзал. Жители Бисерти неоднократно обращались в следственные органы, но по их заявлениям было возбуждено только одно уголовное дело в отношении директора МУП "Гортоп" Николая Бойко, за незаконную вырубку деревьев.
Антикоррупционный комитет, куда обратились бисертские предприниматели, передал все материалы в прокуратуру, УВД и ФСБ, с ходатайством о проверке также Ревдинского межрайонного следственного отдела при прокуратуре РФ по Свердловской области, которое, по мнению комитета, после предыдущих проверок необоснованно отказывало в возбуждении уголовных дел в отношении Валерия Непутина
Второе уголовное дело возбуждено по факту нанесения побоев четырнадцатилетнему подростку, который залез на крышу помещения, принадлежащего Ларисе Непутиной.
Свердловское отделение партии "Единая Россия" говорит о возможном исключении Непутина из партии за дискредитацию "партии власти". Напомним, что в июле из "ЕдРа" был исключен мэр Нижнего Тагила (Свердловская область) – Николай Диденко. Основанием для этого послужили жалобы, постоянно поступающие на него в политсовет партии.