Сотрудники университета видят в закрытии учреждения "политические мотивы". Дело в том, что в начале 2007 года на грант Евросоюза был запущен рассчитанный на три года проект "Межрегиональная электоральная сеть поддержки". Он включал в себя серию семинаров и лекций для наблюдателей от партий. Слушателей обучали наблюдению не только на избирательных участках, но и во время выборной кампании - за конкурентами, избиркомами, административным ресурсом. Кроме того, проект предусматривал помощь в организации альтернативного подсчета голосов.
В связи с тем, что этот проект был интересен оппозиции он почти сразу вызвал большой резонанс, сначала в горизбиркоме и ЦИКе, а затем в Госдуме, пишет издание. В июне депутат-единоросс Гаджимет Сафаралиев выступил с протокольным поручением комитету по образованию и науке запросить в правительстве и Генпрокуратуре информацию о соответствии подобной деятельности уставам Европейского университета и Уральской академии госслужбы (вузы сотрудничали по проекту) и выданным им лицензиям.
Недовольство депутата вызвало то, что грант выдается не для проведения научных исследований или учебного процесса, а для создания организационной структуры - сети наблюдателей. "Это следует рассматривать как попытку прямого вмешательства иностранного квазигосударства, каковым является Европейский союз, в российские избирательные кампании 2007-2008 годов", - заявлял тогда Сафаралиев. Столкнувшись с таким давлением и опасаясь за судьбу университета, организаторы сами приняли решение закрыть проект. Он досрочно прекращен 28 января.