25 декабря прокурор области Сергей Бессчасный утвердил обвинительное заключение по уголовному делу в отношении Калугина. Он обвиняется в совершении пяти должностных преступлений. Кроме того, Калугина обвиняют в покушении на умышленное причинение средней тяжести вреда здоровью и угрозе убийством.
Дело в отношении Калугина, исполнявшего в 2005 году обязанности начальника филиала РФФИ, было возбуждено в декабре 2006 года. По версии следствия, он, выполняя организационно-распорядительные и административно-хозяйственные функции по организации и осуществлению продажи федерального имущества, а также осуществляя продажу арестованного, конфискованного, движимого бесхозяйного, изъятого и иного имущества, обращенного в собственность государства, действуя незаконно с превышением своих полномочий, допустил реализацию около 4-х тонн изъятой лососевой икры; продажу готовой продукции - филе морского гребешка; незаконные действия по двум фактам продажи готовой продукции как сырца, что повлекло причинение материального ущерба федеральному бюджету. Кроме того, Калугину инкриминируется превышение должностных полномочий, повлекшее причинение ущерба федеральному бюджету в сумме 986.219 рублей в связи с продажей необращенного в собственность государства имущества, а именно мясной продукции различных наименований с иностранной маркировкой, задержанной без сопроводительных документов в порту Корсаков.
Помимо того, Калугин обвиняется в угрозе убийством подчиненному ему сотруднику, а впоследствии, через посредника, в организации нападения с целью покушения на причинение ему телесных овреждений. Как сообщили в пресс-службе прокуратуры области, материалы уголовного дела направлены в Южно-Сахалинский городской суд.