В мае 2006 года против правозащитника было возбуждено уголовное дело, поводом для которого стало оскорбление судьи во время судебного заседания, проходившего в 2005 году, на котором Имендаев выступал в качестве защиты. Через неделю он был отпущен под подписку о невыезде.
Повторно 67-летнего правозащитника задержали 25 июля 2007 года за нарушение подписки о невыезде. До 9 августа Имендаев пребывал в СИЗО города Чебоксары, после чего его вновь отпустили под подписку в связи с возрастом и состоянием здоровья (инвалид первой группы). 13 августа суд огласил решение обвинительного приговора.
Альберт Имендаев уверен, что истинная причина его уголовного преследования – это его правозащитная и оппозиционная деятельность, в частности: расследование подделки генерального плана города Чебоксары (Имендаев добился возбуждения уголовного дела на главного архитектора города) и организация региональной конференции "Другая Россия", инициатором которой выступил правозащитник.
