Первоначально была предпринята попытка взять квартиру штурмом. После небольшой перестрелки наступило затишье. Боевики отказались сложить оружие, поэтому их было решено ликвидировать. По боевикам был открыт огонь, а в самой квартире, где были заблокированы бандиты, прогремело несколько взрывов. К спецоперации привлекалась и бронетехника. На месте проведение спецоперации прибыло руководство МВД Дагестана и республиканского управления ФСБ.
Активная фаза спецоперации завершилась к 18 часам 12 июля. После этого началась зачистка дома, где были заблокированы боевики. При его штурме легкое ранение получил один сотрудник ФСБ.
По сообщению из республиканского МВД в ходе проведения операции двое из четырех боевиков уничтожены. Были озвучены также имена боевиков. Это находившиеся в федеральном розыске Балбек Амашев и Расул Ибрагимов. Оба, по оперативным данным, принадлежали к Буйнакской и Махачкалинской террористическим группам. Предполагается, что с ними в квартире по улице Орджоникидзе скрывался еще один их сообщник. Но, возможно, его труп обнаружится после разбора завалов в выгоревшей квартире.
МВД также сообщило, что ликвидированные боевики готовили несколько покушений на руководителей силовых структур города и района. Для осуществления своего замысла они появились в городе пару дней назад. Об этом заявил глава МВД Дагестана Адильгерей Магомедтагиров. Со своей стороны начальник управления ФСБ по Дагестану Николай Грязнов сообщил: "Сегодня мы проводим эти (подобные буйнакской) операции по всей республике".
Рядом с домом по Орджоникидзе, где проходилась операция, расположен продуктовый рынок, а всего в 20 метрах - городская администрация. Поэтому срочным образом были эвакуированы люди не только с того дома, где засели боевики, но и с этих объектов.