В проекте заявлено, что часть российских НИИ перейдут Федеральному агентству по науке и инновациям или Федеральному агентству по фундаментальным исследованиям. Другие институты будут интегрированы с высшими учебными заведениями или акционированы с тем, чтобы их смогли приобрести бизнес-структуры, заинтересованные в проводимых исследованиях в соответствующей области.
Однако при этом проект предполагает сохранение академических званий и значительное повышение содержания академиков и членкоров.
В то же время существует альтернативный проект, который предполагает сохранение Академии наук в ее нынешнем статусе, "разгосударствление" части НИИ и финансирование тех, которые останутся на бюджетном финансировании, на основании рейтинга.
В правительстве заявляют, что Академия наук нуждается в реформах для повышения эффективности своей работы. Проведенные в 2001-2006 годах различными контрольными ведомствами проверки финансовой и хозяйственной деятельности Академии выявили многочисленные нарушения, которые, помимо всего прочего, лишают государство 80% доходов.
Руководство РАН, со своей стороны, обвиняет Минобрнауки в посягательстве на традиционную академическую самостоятельность, обусловленном желанием взять под контроль имущество Академии, а также десятки миллиардов рублей, выделяемые государством на ее финансирование.
