В документах указывается на тотальное нарушение российского законодательства при проведении проектно-изыскательских и других подготовительных работ, а также говорится об экологической опасности, которую представляет проект "Транснефти" для озера Байкал, и о необходимости проработать альтернативные варианты трассы нефтепровода.
Экспертизу проекта строительства нефтепровода проводили также Всемирный фонд дикой природы, "Гринпис России", Региональное объединение по Байкалу и "Байкальская экологическая волна". Как заявил 22 января в эфире радиостанции "Свобода" руководитель Байкальской программы "Гринпис Россия" Роман Важенков, необходимо изменить маршрут прохождения трубопровода, который планируется провести всего в 800 метрах от озера Байкал. По его словам, сама идея строительства нефтепровода через водосборный бассейн озера напрямую нарушает Конвенцию об охране всемирного природного и культурного наследия, ратифицированную Россией. Важенков считает, что прокладывание трубопровода в обход озера не сделает проект намного дороже.
Доктор геолого-минералогических наук, профессор Института земной коры Сибирского отделения РАН Юрий Тржцинский, также участвовавший в экспертизе проекта "Транснефти", отметил, что прокладывать нефтепровод около Байкала опасно по той причине, что в этом районе велика вероятность землетрясений, а также селевых потоков, оползней и т.д.
Директор по природоохранной политике WWF России Евгений Шварц, в свою очередь, заявил, что разрешение на строительство нефтепровода было получено "Транснефтью" незаконным путем. Как утверждает Шварц, правительство одобрило данный проект на основании заключения государственной экологической экспертизы Ростехнадзора, хотя это заключение касалось другого проекта, представленного компанией. Строительство же нефтепровода "Восточная Сибирь - Тихий океан" экспертизу не прошло.
Проект "Восточная Сибирь - Тихий океан" обещает стать самым длинным нефтепроводом в мире. Его протяженность составит около 4200 км, что в три раза превышает длину Транс-аляскинского нефтепровода. Объем транспортируемой нефти при достижении проектной мощности будет достигать 80 млн тонн в год. По данным "Транснефти", стоимость проекта колеблется от 11 до 18 млрд долларов.